Η λημματική βιβλιογραφία διαρθρώνεται ως εξής:

1. Θεματικές ενότητες (π.χ. ΘΡΗΣΚΕΥΤΙΚΑ-ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΑ ΖΗΤΗΜΑΤΑ).
2. Κατηγορίες, εντασσόμενες στις θεματικές ενότητες (π.χ. ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΗ ΗΓΕΣΙΑ στη γενική κατηγορία ΘΡΗΣΚΕΥΤΙΚΑ-ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΑ ΖΗΤΗΜΑΤΑ).
3. Υποκατηγορίες, εντασσόμενες στις βασικές κατηγορίες (π.χ. ΕΠΙΣΚΟΠΟΙ - ΕΠΙΣΚΟΠΕΣ στη βασική κατηγορία ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΗ ΗΓΕΣΙΑ).
4. Λέξεις-κλειδιά, οι οποίες εντάσσονται είτε στις θεματικές ενότητες είτε – ως επί το πλείστον – στις κατηγορίες και τις υποκατηγορίες.
5. Οι λέξεις-κλειδιά παραπέμπουν στις εκάστοτε σχετικές μελέτες σε βραχυγραφημένη μορφή. Ο πλήρης τίτλος της μελέτης αναζητείται στην αλφαβητική βιβλιογραφία, η οποία περιλαμβάνει τόσο τις πλήρεις βιβλιογραφικές αναφορές των συντομογραφημένων μελετών όσο και τους τίτλους των συντομογραφημένων περιοδικών.

Η αναζήτηση από τον χρήστη της βάσης γίνεται με τρεις τρόπους:

1. βάσει των λέξεων-κλειδιών,
2. βάσει των κατηγοριών και
3. βάσει της αλφαβητικής καταγραφής των συγγραφέων των τίτλων.

1. Αναζήτηση βάσει των λέξεων-κλειδιών:

   Αρχικά, ο χρήστης επιλέγει το πεδίο «αναζήτηση» και κατόπιν το πεδίο «βάσει λέξεων-κλειδιών». Στη συνέχεια, μπορεί να δει τον κατάλογο των λέξεων-κλειδιών στο δεξιό τμήμα της σελίδας, να επιλέξει ποια τον ενδιαφέρει και να ολοκληρώσει εδώ την αναζήτηση έχοντας βρει το σύνολο των σχετικών μελετών. Μπορεί, όμως, να περιορίσει τα αποτελέσματα της αναζήτησης γράφοντας στο αριστερό τμήμα και στο αντίστοιχο πεδίο το όνομα του συγγραφέα και μέρος του τίτλου. Έτσι, για παράδειγμα, αν επιθυμεί να βρει όλες τις εγγραφές που έχουν ως λέξη-κλειδί το «Μισθοφόροι», επιλέγει «αναζήτηση» και έχει ως αποτέλεσμα την εμφάνιση ενός συγκεκριμένου αριθμού βραχυγραφημένων τίτλων. Επιλέγοντας κάθε έναν από τους τίτλους βλέπει την ανάλυση της βραχυγραφίας και τις υπόλοιπες λέξεις-κλειδιά που αντιστοιχούν στον συγκεκριμένο τίτλο. Αν επιθυμεί να περιορίσει ακόμη περισσότερο τα αποτελέσματά του, εφόσον γνωρίζει τον συγγραφέα, μπορεί να επιλέξει τη λέξη «μισθοφόροι» και, συγχρόνως, στο πεδίο του συγγραφέα τη λέξη π.χ. «Cheynet», οπότε θα έχει αποτελέσματα που αφορούν σε άρθρα του «Cheynet» για τους μισθοφόρους. Πάλι, επιλέγοντας την βραχυγραφία της μελέτης, εμφανίζεται ο πλήρης τίτλος του άρθρου και οι υπόλοιπες λέξεις-κλειδιά.

2. Αναζήτηση βάσει των κατηγοριών:

   Ο χρήστης επιλέγει το πεδίο «Αναζήτηση» και στη συνέχεια το πεδίο «βάσει κατηγοριών». Εκεί εμφανίζεται το πεδίο «επιλέξτε από τα παρακάτω». Ο χρήστης επιλέγει μία κατηγορία, πχ. «Σταυροφορίες» και μπορεί, καταρχήν, να επιλέξει ολόκληρη την κατηγορία, χωρίς τις υποκατηγορίες, οπότε θα εμφανιστούν όλες οι εγγραφές. Αν όμως θέλει να περιορίσει τα αποτελέσματα της αναζήτησής του, εμφανίζεται ένα άλλο πεδίο που επιγράφεται «επιλέξτε από τα παρακάτω» και περιλαμβάνει τις υποκατηγορίες των «Σταυροφοριών». Επιλέγει τότε ποια υποκατηγορία τον ενδιαφέρει, π.χ. «Κράτη Σταυροφόρων», και εμφανίζονται όλες οι εγγραφές που αφορούν στα κράτη των σταυροφόρων, ενώ στο δεξιό τμήμα της σελίδας εμφανίζεται ο κατάλογος των λέξεων-κλειδιών που περιλαμβάνεται στην υποκατηγορία «κράτη σταυροφόρων». Από εκείνο το σημείο, μπορεί να επιλέξει όποια λέξη-κλειδί τον ενδιαφέρει, π.χ «Αντιόχεια», και να εμφανιστούν οι εγγραφές που υπάρχουν. Στη συνέχεια ενεργεί όπως και στην περίπτωση της αναζήτησης βάσει των λέξεων-κλειδιών.

3. Αναζήτηση βάσει της αλφαβητικής καταγραφής των συγγραφέων των τίτλων:

   Τέλος, στην περίπτωση που ο χρήστης επιθυμεί να βρει ποιες λέξεις-κλειδιά ή ποιες κατηγορίες αντιστοιχούν σε κάθε συγγραφέα, επιλέγει το πεδίο «Αναζήτηση» και στη συνέχεια το πεδίο «αλφαβητική αναζήτηση». Εμφανίζεται το ελληνικό και το λατινικό αλφάβητο και ο χρήστης επιλέγει γράμμα, π.χ. «Κ». Εμφανίζεται ο κατάλογος των λημμάτων με συγγραφείς των οποίων το όνομά αρχίζει από Κ και ο χρήστης επιλέγει εκείνον που τον ενδιαφέρει, π.χ. «Kazhdan», οπότε εμφανίζεται η ανάλυση της βραχυγραφίας και οι λέξεις-κλειδιά που έχουν ενταχθεί σε αυτήν.

Οι τρεις προαναφερθέντες τρόποι αναζήτησης δημιουργήθηκαν με στόχο τη διευκόλυνση του χρήστη και την κάλυψη όσο το δυνατόν μεγαλύτερου εύρους περιπτώσεων που θα μπορούσαν να αποτελέσουν αντικείμενο της έρευνάς του.